Boris el Animal es un extraterrestre que se fuga de una carcel en la Luna, casualmente fue detenido por el MIB: Ray (TOMMY LEE JONES). BORIS busca venganza y con su raza, los boglodita, busca revertir su situación e invadir la Tierra.
Pero BORIS no lo tiene fácil, tiene que volver al pasado a revertir su arresto, entonces JAY (WILL SMITH), quien se entera de lo que sucederá, tiene que volver al pasado a ayudar al jóven agente RAY (JOSH BROLIN) a matar a BORIS porque es la única solución al problema.
Finalmente después de la derrota de BORIS, tiernamente, sale de un auto el agente JAY cuando era un niño, un lolo, que pregunta por su padre, el que ha muerto a manos de BORIS, y es en ese momento que es reclutado por el agente RAY para ser un Hombre de Negro (JAY, ya mayor, ve la escena con profunda emoción).
Para terminar los agentes vuelven al presente.
